Gonçalo Moniz nasceu em Salvador (1870-1939), era médico clínico, inspetor sanitário e professor. Montou e dirigiu o Gabinete de Análises e Pesquisas Bacteriológicas da Bahia (1899), órgão responsável pela verificação de óbitos e controle das doenças infecto-contagiosas de caráter epidêmico. Em 1914, quando J.J. Seabra era o governador da Bahia, foi nomeado para os cargos de Diretor Geral de Saúde Pública do Estado e de Secretário do Interior, Justiça e Instrução Pública.

Em 1915, Gonçalo Moniz inaugurou o Instituto Bacteriológico, Soroterápico e Vacinogênico, situado no bairro do Canela. Em 1917, este órgão deu lugar ao Instituto Oswaldo Cruz da Bahia, que depois passou a ser chamado Instituto de Saúde Pública. Somente em 1950, através da lei no 262/50, a instituição passa a ser Fundação Gonçalo Moniz (FGM).

Situado no bairro do Canela, o prédio foi projetado durante o governo de Araújo Pinho e inaugurado em 1916, na gestão de J.J.Seabra.

Octávio Mangabeira Filho (1913 – 1963) esteve à frente do Núcleo de Pesquisas da Bahia de 1957 a 1963.

Também foi instalada uma biblioteca, coordenada pela profa. Eurydice Pires Sant’Anna.

Eurydice Pires Sant’Anna, professora e bibliotecária, prestou relevantes contribuições às áreas de biblioteconomia, documentação e informação. Pela excelência de seus trabalhos, a professora foi homenageada pela equipe da Fiocruz, com o registro de seu nome na biblioteca da instituição.

Em 1954, o diretor da FGM, Otavio Mangabeira Filho, criou o Boletim da Fundação Gonçalo Moniz, extinto em 1964. Ainda no fim da década de 1950, ele deixa a direção da FGM e passa a se dedicar ao núcleo que criou em 1957, o Núcleo de Pesquisas da Bahia.

Esse Núcleo, inicialmente chamado “Turma de Pesquisas da Bahia ” , é o marco fundacional do atual Instituto Gonçalo Moniz (IGM/Fiocruz Bahia). Era uma parceria entre o Instituto Oswaldo Cruz do Rio de Janeiro (IOC), o Instituto Nacional de Endemias Rurais (INERu) e a Fundação Gonçalo Moniz (FGM). A primeira sede do Núcleo funcionou no Largo da Graça, entre 1957 e 1973.

O objetivo do Núcleo era realizar pesquisas sobre Leishmaniose Visceral, Doença de Chagas e Esquistossomose.

O primeiro laboratório deste Núcleo foi montado já no ano da sua fundação, em 1957. Era o Laboratório de Parasitologia/Entomologia, onde Ítalo Sherlock iniciou como auxiliar de pesquisa.

As pesquisas deste Núcleo, e também da Fundação Gonçalo Moniz, não se limitavam às paredes dos laboratórios. Eram realizados trabalhos de campo em zonas endêmicas de Doença de Chagas, Esquistossomose, entre outras patologias. Essas expedições científicas foram fundamentais para a realização de estudos clínicos, epidemiológicos, ensaios terapêuticos e pesquisas laboratoriais, ocorreram ao longo do tempo de existência do Núcleo.

Em 1959, a Fundação Gonçalo Moniz (FGM) recebeu autorização do Governo do Estado para ocupar as antigas instalações do Instituto Brasileiro de Biologia e Farmácia, em Brotas, na Rua Waldemar Falcão, onde atualmente encontram-se as sedes do IGM e do LACEN. Em 1963, após o falecimento de Otávio Mangabeira Filho, Aluizio Prata, então diretor da FGM passou a assumir a supervisão do Núcleo de Pesquisas da Bahia.

Aluízio Prata (1920 – 2011). Foi supervisor do Núcleo de Pesquisas da Bahia de 1964 a 1967.

Em 1967, Ítalo Sherlock passou a ser o responsável pelo instituto. Como pesquisador, realizou muitos estudos, tanto em laboratório, como em campo, no interior da Bahia.

Havia uma integração entre o Hospital das Clínicas da UFBA e a Fundação Gonçalo Moniz, quando era dirigida por Aluízio Prata. Isso propiciou a criação do Laboratório de Patologia Experimental, coordenado por Zilton Andrade, e do Laboratório de Chagas Experimental, dirigido por Sonia Gumes Andrade. Ambos atuavam na FGM e na UFBA.

Em 1974, o NEP passou a ocupar as dependências do LACEN, ainda no Canela, onde ficou instalado de forma precária e improvisada. Em 1975 ocorreu a mudança do NEP para as novas instalações do LACEN, agora na rua Waldemar Falcão, no 121, Bairro de Brotas.

Ali funcionavam o Laboratório de Pesquisa em Esquistossomose chefiado por José Guilherme da Motta. o Laboratório de Chagas Experimental, chefiado por Sonia Gumes Andrade, da Faculdade de Medicina da UFBA; o Laboratório de Entomologia, chefiado por Donald Minter; e o Laboratório de Imunologia, chefiado por Radovan Borojevic. Havia também um biotério. A biblioteca, coordenada pela profa. Eurydice Pires Sant’Anna, também mudou de endereço, sendo transferida do Canela para Brotas.

O Governo da Bahia decidiu desativar esses laboratórios e excluir a pesquisa do escopo de atuação do Estado, ficando, então, a FGM dedicada apenas aos seus objetivos iniciais, isto é, aos serviços de diagnóstico para a população, o que se manteve com o LACEN - Laboratório Central de Saúde Pública Prof. Gonçalo Moniz.
Nesta época, as instalações do setor de Pesquisas foram reduzidas ao funcionamento do Laboratório de Entomologia, dirigido por Ítalo Sherlock e mantido pela Fiocruz. Já o Laboratório de Chagas Experimental foi transferido para o Anexo I da Faculdade de Medicina da Bahia (FAMED-UFBA), onde estava em funcionamento o Curso de Pós Graduação em Patologia Humana da UFBA, criado em 1972, na modalidade de mestrado, e ampliado para doutorado em 1989, coordenado por Sonia Gumes Andrade.

Em 1979, o governador Roberto Santos, em seus últimos meses de mandato, anuncia a intenção de venda do terreno de Brotas. O governador eleito, Antônio Carlos Magalhães, posiciona-se contra a venda e, ao tomar posse, assina um comodato entre o Estado da Bahia e a FIOCRUZ, que garantia a permanência nessas instalações pelos próximos 25 anos.

Ocorre a inauguração do Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz - CPqGM (parceria entre Governo do Bahia, Fiocruz e UFBA) e designação de Zilton Andrade como diretor (gestão de 1980 a 1989).

Zilton Andrade trouxe para o CPqGM a equipe do Laboratório de Anatomia Patológica do Hospital das Clínicas (UFBA), envolvida em pesquisa, e o Curso de Pós- Graduação em Patologia Humana da Faculdade de Medicina da Bahia. Esse Programa se tornou, então, uma parceria entre UFBA e CPqGM/FIOCRUZ. As equipes da Faculdade de Medicina (UFBA), pesquisadores e técnicos, se constituíram na época em três Laboratórios: Laboratório de Esquistossomose, chefiado por Zilton Andrade; Laboratório deChagas Experimental, por Sonia G. Andrade; e Laboratório de Imunologia, por Moysés Sadigursky. Além desses, continuava em funcionamento o Laboratório de Entomologia, chefiado por Ítalo Sherlock.

A partir de então, as próximas diretorias do Centro foram se constituindo através de eleições.

1993 - Posse do diretor Mitermayer Galvão Reis (gestão de 1993 a 2001)

2002 – Posse do diretor Lain Carlos Pontes de Carvalho (gestão de 2002 a 2005)

2006 - Posse do diretor Mitermayer Galvão Reis (gestão de 2006 a 2013)

2013 - Posse do diretor Manoel Barral Netto (gestão de 2013 a 2017)

Em 2015 o CPqGM se torna Instituto Gonçalo Moniz - IGM / Fiocruz Bahia

2017 – Posse da diretora Marilda de Souza Gonçalves (gestão de 2017 a 2021 ). Em 2021 foi reeleita.

Nestes 66 anos de história a Fiocruz Bahia tem se empenhado em cumprir a missão de promover a melhoria da qualidade de vida da população através da geração e difusão de conhecimento científico e tecnológico no estado da Bahia e no Brasil. Para isso, a instituição tem investido na realização de pesquisas, formação e capacitação de novos profissionais dedicados a atuar, principalmente, no campo da saúde coletiva.

Com o passar dos anos, a unidade foi expandindo a sua área de atuação, promovendo estudos sobre doenças parasitárias, bacterianas, genéticas e degenerativas, dentre outras, atuando para o aperfeiçoamento do Sistema Único de Saúde (SUS), contribuindo para o desenvolvimento de vacinas, métodos diagnósticos e tratamento de diversas enfermidades. Atualmente, a Fiocruz Bahia é destaque na realização de pesquisas sobre doenças parasitárias, bacterianas, genéticas, virais, entre outras.

Ao longo da sua história, a unidade teve ampla atuação no enfrentamento às epidemias como a Zika, em 2015. Mais recentemente, em 2020, um novo escopo de atuação precisou ser desenhado, com ações direcionadas para o enfrentamento do SARS- Cov-2, voltadas para o suporte ao Sistema Único de Saúde (SUS), contribuindo para o enfrentamento à pandemia da Covid-19.

Dentre as contribuições da Fiocruz Bahia para a saúde pública está o trabalho desenvolvido pelo Centro de Integração de Dados em Saúde - Cidacs, que realiza estudos e pesquisas com base em projetos interdisciplinares originados na vinculação de grandes volumes de dados, no âmbito das suas plataformas: Coorte de 100 Milhões de Brasileiros; Plataforma Zika; Tecnologias e Inovações para o SUS; Equidade e Sustentabilidade Urbana; Bioinformática e Epidemiologia Genética (Epigen). Além disso, o Cidacs desenvolve novas metodologias investigativas e promove capacitação profissional e científica.

A missão do Centro é contribuir com a produção de conhecimentos científicos inovadores para ampliar o entendimento dos determinantes e das políticas sociais e ambientais sobre a saúde da população. Esses estudos visam auxiliar e apoiar a tomada de decisões em políticas públicas em benefício da sociedade. Para tanto, o Cidacs conta com equipes multidisciplinares com formação em diversas áreas, como epidemiologia, saúde coletiva, estatística, economia, bioinformática e computação.